无人机系统研发发展快于应用发展，而无人机系统应用发展领先于无人机系统的管理。虽然目前我国对无人机的使用有可以依据的规定，但实际当中民用无人机活动管理还是存在很多难点。
(一)民用无人机系统标准不统一
空中交通管理系统的有序运行是建立在航空器性能的可控性基础之上。空中交通管理系统中有人驾驶航空器按照不同的类型进行适航审定，确保了航空器符合统一的标准，这既保证了单一肮空器的安全，也保证了空中交通系统的安全。而无人机系统航空器类别差异大，系统构成与有人驾驶航空器存在差异，空中交通管理部门无法准确掌握无人机的飞行精度和可靠性。即使在隔离运行的情况下，也要存在无人机飞出独立空域与其他航空器构成冲突的可能。
(二)无人机操控人员知识水平存在差异
目前民用无人机操控通常采用三种方式：可视范围手控、超视距手控，预置程序控制。无论采用何种操控方式，操控人员就是无人机的“飞行员”，他们将决定无人机的话动。由于无人机系统中航空器起飞着陆及巡航飞行方式差异大，各种操控方式对人员技术也不尽相同，加之缺乏统一的培训和技术管理，操控人员知识和技术水平参差不齐。人员素质的差异一方面影响航空器飞行的准确性，更为重要的是部分操控人员不了解空中交通的要求和规则，飞行活动随意性大，容易对空中交通系统造成意外的影响。
(三)航空器制造销售使用管理不规范
对于交通行业，大到飞机、火车，小到电动车、自行车，交通工具的制造和销售都有管理要求。通常交通运输工具生产厂商在获得生产许可证才可以进行制造，每个具体型号生产也需要获得许可。交通工具销售后需要登记，以明确其所有人，获得交通运输工具后，还需要进行定期的审定，以保证其持续安全。这些都是保证交通行业安全、有序的系统性要求。由于对无人机系统的属性还没有统一的认识，目前对制造、销售和使用的管理要求针对性不强，管理对象和责任主体不清晰，不利于保障空中交通安全和公共安全。
(四)无人机系统技术的发展尚不能适应混合运行的需要
目前我国无人机系统发展的重点主要集中在针对日益丰富的任务性质提高无人机及相应任务载荷设备的性能，很少有针对无人机系统在我国空中交通系统中运行方法和相关技术的研究。个别单位在无人机避让静态障碍物方面开展了相应研究，但对航空器之间的规则和避让研究较少。在无人机系统目前的技术水平下，只能采用隔离空城运行的方式，占用空域资源多，对其他飞行活动影响大。
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